O módulo Bio.SeqUtils.Protparam

O módulo Bio.SeqUtils.ProtParam contém uma única classe (ProteinAnalysis), que encapsula métodos para predição de propriedades de seqüências protéicas.

A classe ProteinAnalysis recebe apenas um argumento, uma string contendo a seqüência de aminoácidos.

A estrutura da classe é:

  • def count_amino_acids(self):
      • Conta o número de vezes que um resíduo de aminoácido aparece na seqüência passada como argumento.
      • Retorna um dicionário com a estrutura {Residuo: número_de_vezes_na_seq}
  • def get_amino_acids_percent(self):
      • Determina que porcentagem da seqüência apresenta cada amino ácido.
      • Retorna um dicionário com a estrutura {Residuo: porcentagem na seqüência}
  • def molecular_weight(self):
    • Calcula a massa molecular da seqüência com base nos valores IUPAC para a massa molecular de cada resíduo. Os valores estão presentes no módulo Bio.Data.IUPACData na variável protein_weights.
    • Retorna o valor predito da massa molecular ds seqüência toda
  • def aromaticity(self):
      • Determina a freqüência relativa dos amino ácidos aromáticos, isto é, a freqüência relativa de Phe + Trp + Tyr, como sugerido por Lobry, 1994.
      • Retorna um float com a soma das freqüências relativas de Phe + Trp + Tyr
  • def instability_index(self):
    • Implementação do métodos proposto por Guruprasad et al., 1990 (Protein Engineering 4:155-161), e pode ser considerado como uma predição da estabilidade da proteína. Os valores tomados como parâmetro estão no módulo Bio.SeqUtils.ProtParamData na variável DIWV. Valores acima de 40 significam que a proteína deve ser instável (meia vida curta).
    • Retorna um float com o índice de instabilidade
  • def flexibility(self):
    • Implementação do método de Vihinen et al. 1994 (Proteins 19:141-9), que calcula a flexibilidade de cada posição na seqüência. Os valores estão no módulo Bio.SeqUtils.ProtParamData na variável Flex.
    • Retorna uma lista com os índices de flexibilidade para cada posição da seqüência
  • def isoelectric_point(self):
    • Esse método usa o método Bio.SeqUtils.IsoelectricPoint para calcular o ponto isoelétrico da seqüência.
    • Retorna a predição do ponto isoelétrico da seqüência protéica
  • def secondary_structure_fraction(self):
    • Prediz a fração dos resíduos que devem estar em alfa hélices, loops ou folhas betas. O método é simples, prediz a porcentagem de resíduos em alfa hélices somando as porcentagens dos resíduos V, I, Y, F, W, L, em loops pela soma das porcentagens de N, P, G, S e em folhas betas pela soma das porcentagens de E, M, A, L.
    • Retorna uma lista contendo três valores: [porcentagem_em_hélice, porcentagem_em_loop, porcentagem_em_folhas]
  • def protein_scale(Scale, WindwonSize, Edge):
  • def gravy(self):
    • Acredito que esse método não tem utilidade no código, pois usa uma variável que não está declarada (um dicionário de nome kd). O comentário original do método diz : "calculate the gravy according to kyte and doolittle".
  • def _weight_list(self, window, edge):
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