Biopython

O projeto Biopython é uma associação internacional de desenvolvedores de ferramentas computacionais para biologia molecular em Python. O site official é http://www.biopython.org e é uma fonte de módulos, scripts e links para desenvolvedores de softwares Python para pesquisa em ciências biológicas. Tudo grátis.

O projeto Biopython em si tem muitas funcionalidades, entre elas:

  • Interpreta vários formatos de arquivos comumente utilizados em bioinformática em estruturas de dados Python. Incluem-se entre os formatos suportados:
    • Arquivos de saída do BLAST
    • ClustalW
    • FASTA
    • GenBank
    • PubMed e Medline
    • Arquivos Expasy (Enzimas, Prodoc, Prosite)
    • SCOP
    • Rebase
    • UniGene
    • SwissProt
  • Códigos que trabalham com serviços on-line (Expasy, NCBI)
  • Interfaces para ClustalW e Blast (Standalone)
  • Classe que lida com seqüências.
  • Ferramentas para trabalhos rotineiros com seqüências: transcrição, tradução e cálculos de massa molecular.
  • Código para classificação de dados (K Nearest Neighbors, Naive Bayes, Support Vector Machines)
  • Código para lidar com alinhamentos
  • Integração com BioSQL, um esquema pardonizado de bancos de dados para sequências biomoleculares.
  • Documentação do próprio projeto.

Como obter e instalar o BioPython

Siga as instruções em Como instalar o BioPython.

Tutoriais

Abaixo temos uma lista de tutoriais disponíveis para o Módulo, para que iniciantes, ou aqueles que nunca trabalharam com o Módulo antes, possam se familiarizar de maneira suave. Se você tem um tutorial disponível para este módulo, ou se deseja publicá-lo neste wiki, inclua-o na lista abaixo:

Documentação

Exemplos avançados e nem tanto.

Além dos diversos exemplos específicos em cada entrada da documentação, nesta seção temos exemplos mais genéricos, envolvendo diversos comandos interagindo entre si, receitas de como resolver problemas específicos ou até mesmo pequenas aplicações inteiras com um foco específico. Se você tem algum exemplo que siga esta descrição, ele pode ser publicado na lista abaixo:

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