Weblogo

WebLogo (http://code.google.com/p/weblogo/) é uma ferramente para criar "Logos" de seqüências a partir de alinhamentos. É distribuído com a licensa "BSD Open Source License". Roda diretamente da linha de comando, como servidor web ou como módulo no terminal python.

WebLogo requer Python em suas versões 2.3, 2.4 ou 2.5, o pacote python Corebio (http://code.google.com/p/corebio) e o módulo numpy (http://www.scipy.org/Download).

Existe o Webserver WebLogo no sítio http://bespoke.lbl.gov/weblogo/ onde você pode ter seus logos gerados sem instalar o WebLogo em seu computador.

Rodando o WebLogo:

No terminal:

Para ajuda no terminal:
./weblogo —help

Para criar um logo a partir de um arquivo de alinhamento:
./weblogo < arquivo > logo.eps

No console do python:

Exemplo tirado do site oficial:

>>> from weblogolib import *
>>> fin = open('cap.fa')
>>> seqs = read_seq_data(fin)
>>> data = LogoData.from_seqs(seqs)
>>> options = LogoOptions()
>>> options.title = 'A Logo Title'
>>> format = LogoFormat(data, options)
>>> fout = open('cap.eps', 'w')
>>> eps_formatter( data, format, fout)

Referências:

¹ Crooks GE, Hon G, Chandonia JM, Brenner SE, 2004. WebLogo: A sequence logo generator, Genome Research, 14:1188-1190.

² Schneider TD, Stephens RM, 1990. Sequence Logos: A New Way to Display Consensus Sequences. Nucleic Acids Res. 18:6097-6100