O programa MPAlign editor é uma ferramenta escrita totalmente em python para a análise e edição de seqüências moleculares. Tem o objetivo de ser uma interface amigável para pesquisadores que usam o Sistema Operacional Linux, embora seja multiplataforma.
O MPAlign Editor 2, é uma ferramenta gráfica que é controlada apenas pelo mouse. Segue o estilo de programas como BioEdit, ClustalX entre outros.
A partir da versão 3 (que ainda está em desenvolvimento), o MPAlign editor, além de poder ser controlado pelo mouse, pode ser controlado pelo terminal do python, funcionando também como um pacote com módulos para análise de seqüências moleculares. A grande vantagem disso é que, além das função já prontas, o usuário mais familiarizado com python pode importar rotinas personalizadas (sejam elas escritas durante a execução do programa ou não) e também pode utilizar de outros módulos para python, sejam eles para Bioinformática (Biopython e CoreBio) como pacotes numéricos (Numpy, Scipy, RPy).
Site Oficial
O site oficial do MPAlign editor é http://code.google.com/p/mpalign-editor/
Como instalar
O MPAlign editor não tem ainda um instalador, e, portanto, você precisa instalar suas dependências manualmente (Python, pyGTK / GTK, LibGlade, Matplotlib). Com as dependências instaladas, basta baixar o código fonte e descompacta-lo na pasta desejada.
Tutorial (Como fazer):
A estrutura do MPAlign3
Abaixo a estrutura relevante do MPAlign3
- aln
- clustalw.py
- identity.py
- __init__.py
- dna
- dna.py
- __init__.py
- restriction_enzymes.py
- translate.py
- __init__.py
- interface.py
- mpalign3.py
- protein
- __init__.py
- remote_control.py
- SeqIO
- fasta.py
- html.py
- __init__.py
- nexus.py
- setup
- colors.py
- genetic_codes.py
- __init__.py
- tools
- displayw.py
- __init__.py
- other.py
- painter.py
- search.py