MPAlign Editor

O programa MPAlign editor é uma ferramenta escrita totalmente em python para a análise e edição de seqüências moleculares. Tem o objetivo de ser uma interface amigável para pesquisadores que usam o Sistema Operacional Linux, embora seja multiplataforma.

O MPAlign Editor 2, é uma ferramenta gráfica que é controlada apenas pelo mouse. Segue o estilo de programas como BioEdit, ClustalX entre outros.

A partir da versão 3 (que ainda está em desenvolvimento), o MPAlign editor, além de poder ser controlado pelo mouse, pode ser controlado pelo terminal do python, funcionando também como um pacote com módulos para análise de seqüências moleculares. A grande vantagem disso é que, além das função já prontas, o usuário mais familiarizado com python pode importar rotinas personalizadas (sejam elas escritas durante a execução do programa ou não) e também pode utilizar de outros módulos para python, sejam eles para Bioinformática (Biopython e CoreBio) como pacotes numéricos (Numpy, Scipy, RPy).

Site Oficial

O site oficial do MPAlign editor é http://code.google.com/p/mpalign-editor/

Como instalar

O MPAlign editor não tem ainda um instalador, e, portanto, você precisa instalar suas dependências manualmente (Python, pyGTK / GTK, LibGlade, Matplotlib). Com as dependências instaladas, basta baixar o código fonte e descompacta-lo na pasta desejada.

Tutorial (Como fazer):

A estrutura do MPAlign3

Abaixo a estrutura relevante do MPAlign3

  • aln
    • clustalw.py
    • identity.py
    • __init__.py
  • dna
    • dna.py
    • __init__.py
    • restriction_enzymes.py
    • translate.py
  • __init__.py
  • interface.py
  • mpalign3.py
  • protein
    • __init__.py
  • remote_control.py
  • SeqIO
    • fasta.py
    • html.py
    • __init__.py
    • nexus.py
  • setup
    • colors.py
    • genetic_codes.py
    • __init__.py
  • tools
    • displayw.py
    • __init__.py
    • other.py
    • painter.py
    • search.py
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