SeqRecord

O projeto biopython tem uma classe específica para seqüências, a classe Seq. Essa possui apenas dois atributos: data, que armazena a seqüência propriamente dita; alphabet, que armazena o tipo de codificação que o atributo "data" está usando.

Entretanto, com grande freqüência, desejamos anexar a nossas seqüências outros dados a respeito das mesma, seja seu código de acesso em algum banco de dados, organismo de origem, referência bibliográfica, etc. Para isso devemos utilizar a classe SeqRecord:

Esta classe armazena uma seqüência e informações a respeito da mesma. Os principais atributos da classe são:

seq
(Requerida) Armazena um objeto Seq, com a seqüência e seu alfabeto.
id
(Recomendada) Armazena o identificador da seqüência como seu número de acesso em algum banco de dados.
name
(Opcional) Uma string, pode ser por exemplo o nome do gene.
description
(Opcional) Também uma string, para armazenar qualquer informação adicional
dbxrefs
(Opcional) Uma lista de strings, para armazenar as referências cruzadas de bancos de dados.
annotations
(Opcional) Um dicionário, podendo adicionar qualquer informação por uma chave que deseje.
features
(Opcional) Um lista de instâncias da classe SeqFeature.

Você não precisa passar todas as informações ao declarar o objeto, pode cria-lo vazio e ir adicionando as informações posteriormente.

Exemplo de uso:

>>> from Bio.Seq import Seq
>>> sequencia = Seq("ATCGCA")
>>> from Bio.SeqRecord import SeqRecord
>>> sequencia_anotada = SeqRecord(sequencia)
>>> print sequencia_anotada
ID: <unknown id>
Name: <unknown name>
Desription: <unknown description>
Seq('ATCGCA', Alphabet())
>>> sequencia_anotada.id = "AY45753"
>>> sequencia_anotada.description = "Sequencia criada para o tutorial"
>>> sequencia_anotada.annotations["organismo"] = "Virtual"
>>> sequencia_anotada.annotations["coleta"] = "Meu computador"
>>> print sequencia_anotada
ID: AY45753
Name: Sem nome
Desription: Sequencia criada para o tutorial
/organismo=Virtual
/coleta=Meu computador
Seq('ATCGCA', Alphabet())
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